Manga przygodowa osadzona w realiach historycznych. Akcja rozgrywa się w 1879 roku w Tokio w erze Meiji.
Wędrowiec Kenshin Himura to nikt inny jak legendarny „Siepacz Battosai – Krwawa Klinga” – niezrównany szermierz, który swoim mieczem wyrąbał drogę ku nowym czasom – erze Meiji. Dziś Kenshin zamiast prawdziwego miecza nosi sakabato – miecz o odwróconej, tępej głowni – gdyż przyrzekł sobie, że już nigdy więcej nikogo nie zabije.
Okina, przybrany dziadek Misao, ginie w pojedynku z Aoshim. Dziewczyna mianuje się nowym przywódcą O-Niwabanshu i przyrzeka sobie, że pomści dziadka i zniszczy Shishio i Aoshiego.

Kenshin z wielka determinacją uczy się u swojego dawnego mistrza Hiko techniki tajemniczego stylu Hiten Mitsurugi-Ryu, aby stać się niezwyciężonym w walce w wrogiem. Jednocześnie w więzieniu w Kioto Saito spotyka się z Sanosuke. Podczas przesłuchania Cho zdradza, że Shishio czyni przygotowania, by spalić miasto.